در ارتباط با امن کردن وب سرور چالش‌هایی وجود دارد زیرا نه تنها سیستم عامل باید امن شود بلکه برنامه‌های کاربردی و سرویس‌های مرتبط که روی دستگاه اجرا می‌شوند نیز باید امن شوند. یکی از مشکل‌ترین جنبه‌ها، حفظ به روز و وصله‌شده سیستم‌ها در برابر آسیب پذیری‌های جدید و حیاتی سیستم عامل و برنامه‌های کاربردی وب است.
